อาคารของโรงพยาบาลนครธน ตัวอาคารมี 12 ชั้น สามารถรองรับผู้ป่วยในได้สูงถึง 500 เตียง ปัจจุบันเปิดดำเนินการที่ 150 เตียง ในการออกแบบเน้นการให้ความสำคัญกับผู้มาใช้บริการเป็นอันดับแรก โดยหน่วยพิเศษต่างๆ ได้แก่ ห้องผ่าตัด ห้องคลอด ห้อง ICU ห้องไตเทียม ได้จัดพื้นที่ไว้ในชั้นเดียวกันเพื่อให้การดูแลผู้ป่วยเป็นไปอย่างรวดเร็วในกรณีฉุกเฉินต่างๆ การจัดระบบระบายอากาศและทางหนีไฟที่ได้มาตรฐาน การเชื่อมต่อระหว่างอาคารโรงพยาบาลและอาคารจอดรถ อีกทั้งมีสถานที่สำหรับจอดเฮลิคอปเตอร์สำหรับผู้ป่วยฉุกเฉิน

โรงพยาบาลนครธน จัดเตรียมบริการการรักษาทางการแพทย์ในทุกสาขา ได้แก่ อายุรกรรม ศัลยกรรม สูติ-นรีเวช กุมาร ตา หู คอ จมูก นอกจากนี้ได้จัดให้มีบริการทางการแพทย์เฉพาะทางขึ้นเพื่อให้การรักษาครอบคลุมตามความต้องการของผู้ใช้บริการ อาทิ ศูนย์กระดูกและข้อ ศูนย์ผิวหนังความงามและเลเซอร์ ศูนย์สุขภาพ ศูนย์ทันตกรรม ศูนย์แม่และเด็ก ศูนย์เบาหวาน คลินิกหัวใจ เมดิคอลสปา เป็นต้น

โรงพยาบาลนครธนผ่านการรับรองมาตรฐานต่างๆ ได้แก่ ระบบคุณภาพมาตรฐานสากล ISO 9002 เมื่อ พ.ศ. 2544 และปรับเป็นมาตรฐาน ISO 9001:2000 เมื่อ พ.ศ. 2546 ผ่านการรับรองระบบมาตรฐานห้องปฏิบัติการจาก กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ และจากมหาวิทยาลัยมหิดลเมื่อพ.ศ. 2548 และอยู่ระหว่างการขอรับรอง Hospital Accreditation จากสถาบันพัฒนาและรับรองระบบคุณภาพโรงพยาบาล

ด้านการช่วยเหลือสังคมตลอดระยะเวลา 10 ปีที่ผ่านมาทางโรงพยาบาลฯได้จัดหน่วยแพทย์และปฐมพยาบาลเคลื่อนที่ให้แก่ประชาชนที่ไม่สามารถเข้าถึงบริการทางการแพทย์เป็นประจำอย่างต่อเนื่องปีละอย่างน้อย 20 ครั้ง อีกทั้งจัดให้มีการฝึกอบรมด้านการช่วยชีวิตและปฐมพยาบาลเบื้องต้นอย่างสม่ำเสมอแก่หน่วยงานทั้งภาครัฐและเอกชนโดยไม่คิดค่าใช้จ่าย รวมถึงการออกช่วยเหลือผู้ประสบภัยทั้งในและนอกพื้นที่ การเข้าร่วมกิจกรรมสำคัญทางประเพณีของชุมชนในท้องถิ่นเพื่ออนุรักษ์ความเป็นไทย

ปัจจุบันโรงพยาบาลนครธนได้ยืนหยัดรับใช้ประชาชนอย่างเข้มแข็งมาครบ 10 ปี ซึ่งถือเป็นความภาคภูมิใจของคณะผู้ก่อตั้ง ผู้ถือหุ้น แพทย์ พยาบาล และเจ้าหน้าที่ทุกแผนกทุกระดับในความสำเร็จที่เกิดขึ้น โรงพยาบาล
นครธนเป็นสถานพยาบาลที่มีมาตรฐาน และได้พัฒนาศักยภาพให้รุดหน้าทั้งในเชิงคุณภาพ และปริมาณควบคู่กันไป สามารถตอบสนองความต้องการของประชาชนและสนองนโยบายของภาครัฐบาลได้อย่างลงตัว ที่สำคัญคือการธำรงรักษาเจตนารมณ์ที่ตั้งไว้แต่เริ่มแรกได้อย่างมั่นคง สามารถสร้างความพอใจให้กับผู้มาใช้บริการได้ในระดับดี ได้รับการไว้วางใจจากประชาชน และองค์กรที่เกี่ยวข้องตลอดจนภาครัฐบาลอย่างสมบูรณ์สมกับคำขวัญที่กำหนดไว้ว่า มาตรฐาน ฉับไว มั่นใจบริการ